故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市学园都市。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事从学园都市最强的电击公主超电磁炮御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始。