《十三号仓库 第二季》Pete（Eddie McClintock）和Myka（Joanne Kelly）本是财政部特勤处的特工，负责保护总统的安全。一次，他们挫败了一起针对总统的暗杀图谋，受到总统嘉奖。但是过后不久，他们被一纸调令转移到南达科他州，前往丛山峻岭间神秘的「第十三号仓库」工作。他们的任务是寻找、收集并存储散落在世界各地的超自然物体，这些超自然物体带有不可思议的力量，并且起源是个谜。这些神奇物体已足够让Pete和Myka头疼了，可那并不是最危险的，显然还有其他势力也在寻找这些物体。
　　第一季结束时，一直秘密与第13号仓库为敌并私自贩卖超自然物体的前任仓库特工MacPherson（Roger Rees）被Pete、Myka和Artie擒获。然而当3个人离开后不久，伪装成Claudia（Allison Scagliotti）的Leena释放了MacPherson。Leena成功掩护MacPherson逃脱，导致仓库进入全面封锁状态。
　　Artie在最后关头明白了MacPherson的诡计，但为时已晚。Artie被MacPherson困在仓库的进出通道里，爆炸所产生的巨大火焰瞬间吞没Artie……Pete和Myka反锁在仓库控制室里，只能眼睁睁看着这一切发生。在第二季首集里，Pete和Myka在废墟里搜寻Artie的下落，而Frederick夫人因为一起事故严重受伤。MacPherson和Leena利用爆炸引开Pete和Myka的注意力，从仓库中偷走了1件重要物品（也可能有一个人）。在MacPherson继续行恶的同时，Pete和Myka必须尽快找出谁才是仓库里的真正「内奸」。
　　MacPherson从仓库里带走的东西显然是第二季最重要的剧情线索，后面很多情节都与之相关。除此之外，Frederick夫人在第二季中的作用明显大于第一季，她的神秘身份也会初现端倪。Artie和Claudia这对「活宝组合」无疑是本剧的一个重要看点。Artie当然死不了！这是任何人都知道的。至于那些希望Pete和Myka「擦出火花」来的观众，本季也不会失望－－Pete和Myka的关系会不断发展，只是速度没有我们想的那么快。
　　本剧是一部高度混合型的剧集，集合动作、冒险、喜剧等，本剧的看点，是每集出现的那些神秘古物。几乎每集故事的超自然物品都大有来头，背后都有一个较为真实的历史传奇故事。是幻想频道近十年来首播收视率排名第三的常规剧集。