《攻壳机动队》的士郎正宗原案，《Excel Saga》的六道神士亲自制作漫画的漫画《红壳的潘多拉》动画化。发达国家的一部分机器人和自主机器人开始普及的时代。因小时候的事故而将大脑以外的全身义体化的少女七转福音，依靠亲戚来到了人造的度假岛塞南库尔岛。但是，在那里等待着的是重武装恐怖分子和大规模杀伤性武器横行的不得了的新生活。